Dans ce premier long métrage destinée au grand écran, Scooby-Doo est le héros de sa propre histoire. Cette aventure révèle de quelle manière lui et son meilleur ami Shaggy sont devenus deux des pourfendeurs de crimes les plus appréciés au monde. Elle nous ramène à l'époque où tout a commencé, quand Scooby et Shaggy, alors tout jeunes, se sont rencontrés, et se sont rapprochés de Daphne, Velma et Fred pour lancer Mystery Incorporated.